按照《国家自然科学基金“十一五”发展规划》的部署，为规范和加强“十一五”国家自然科学基金重大项目的立项与管理工作，基金委制定并发布了实施方案。该方案包括指导思想、立项原则、立项条件、总体安排、立项程序、申请受理和评审与资助、过程管理和结题与验收八个方面内容，其特点：

　　1．定位清晰：强调重大项目要针对国家经济建设、社会可持续发展和科技发展的重大需求，开展学科交叉研究和多学科综合研究，充分发挥导向和带动作用，进一步提升我国基础研究源头创新能力。

　　2．切实提高资助强度：“十一五”期间重大项目的平均支持强度将从“十五”期间的758万元提高到约1000万元；为了提高重大项目合作单位的年拨款经费额度，在提高项目资助强度的同时，对项目的课题数和每个课题的合作单位数进行了必要的限制，即每个重大项目的课题设置不超过5个，每个课题的承担单位不超过2个。

　　3．重视立项前期工作：强调学部要做大量细致的调研工作，并充分发挥科学部专家咨询委员会的作用，提高项目立项过程中的竞争力和后期项目运转的效率。

　　4．强调效率和规范：“十一五”重大项目拟与基金委面上项目、重点项目工作同步进行；重大项目的经费将由委里统一预留，不再切块分配到各科学部。

来源：国家自然科学基金委员会网站